Copiapó o Copayapu era un asentamiento prehispánico milenario que fue dominado por los incas poco antes de la llegada de los españoles. Por estos parajes pasó la expedición de Diego de Almagro y años después, por ser este el primer territorio habitado de la conquista a él confiada, Pedro de Valdivia tomó posesión del valle en nombre del rey de España. El año 1549, después de una rebelión indígena, donde fue ahorcado Juan Bohón, encomendero del "valle de la posesión", como le llamó Valdivia, los españoles enviaron una expedición a cargo del capitán Francisco de Aguirre, quien además de pacificar la región, heredó la encomienda del malogrado Bohón.

Desde entonces Copiapó se mantuvo como un lugar central pues marcaba el dominio español en el norte de Chile y era paradero obligado en la ruta hacia Perú. La actividad minera y agrícola del valle, además de la ubicación de Copiapó como un importante lugar de descanso y aprovisionamiento, permitió el establecimiento de los conventos de San Francisco y de la Merced, como también de un colegio de la Compañía de Jesús, todos fundados antes de que el poblado fuese erigido oficialmente como villa. En torno de ellos se fue instalando paulatinamente una población más estable que se dedicaba tanto a la minería como a la agricultura. En este contexto, en 1742, el gobernador del reino, José Antonio Manso de Velasco, decidido a hacer realidad la cédula borbónica dictada en 1703 que obligaba a los españoles diseminados en los campos a vivir en ciudades, fundó oficialmente la villa con el nombre de San Francisco de la Selva de Copiapó. Para ello aplicó, a un poblado preexistente, el modelo de ciudad en damero prescrito por las leyes de indias.

No obstante, fue a mediados del siglo XIX, con el descubrimiento de los minerales de plata de Chañarcillo y Tres Puntas, cuando Copiapó alcanzó un espectacular desarrollo urbano y arquitectónico, convirtiéndose en la capital minera de Chile y en la primera ciudad del país en contar con un ferrocarril. Desde entonces, Copiapó adquirió fama por la riqueza de sus minerales. Sus recursos naturales atrajeron a incipientes empresarios metalúrgicos, improvisados proveedores y audaces exportadores que consolidaron un oasis en medio del desierto. Cuna de célebres caudillos políticos como Pedro León Gallo y Manuel Antonio Matta y esforzados trabajadores, Copiapó adquirió un rol protagónico en las revoluciones de la década de 1850 y en el origen y fundación del partido radical chileno. Cuenta la historia que silbaban balas de plata en la batalla de los Loros, donde, producto del amplio desarrollo económico alcanzado, se enfrentaron los copiapinos con el poder central radicado en Santiago.

En las últimas décadas del siglo XIX, con la decadencia del ciclo minero de Copiapó y la atracción ejercida por Santiago y las regiones salitreras, se inició un período de menor desarrollo urbano lo cual se reflejó en el descenso demográfico de la ciudad. No obstante, a mediados del siglo XX, con el establecimiento de la fundición Paipote y la renovación de la pequeña minería, se reactivó la economía y Copiapó entró en un proceso de desarrollo urbano sostenido, alcanzando más de cuarenta mil habitantes en 1970 y prácticamente los setenta mil en 1982. En las últimas décadas, producto del gran crecimiento alcanzado por las plantaciones de uvas de exportación, la ciudad ha consolidado su desarrollo y el paisaje del valle se ha transformado, de un arenal desértico a un hermoso y continuo parronal, cuyo verde contrasta con la aridez circundante.