Durante siglos el archipiélago de Chiloé fue una región aislada del resto del continente sudamericano, en la que la dificultad de las comunicaciones, la pobreza de la vida material y la mezcla de elementos culturales españoles y de las etnias Huilliche y Chono, acentuaron la singularidad de un modo de vida marcadamente tradicionalista. Sin embargo, la independencia y posterior anexión del archipiélago al territorio chileno marcó el inicio de un lento proceso de apertura al sistema político y económico nacional, con las consecuentes transformaciones sociales que ello implicaba. Este proceso se aceleró notablemente en las décadas que siguieron a 1960, con el progresivo mejoramiento de los transportes y la integración definitiva del archipiélago a la economía internacional.

Incorporado en 1826 al territorio nacional, tras la firma del Tratado de Tantauco que puso fin a las guerras de Independencia, las dos décadas subsiguientes estuvieron marcadas por la lenta recuperación económica y demográfica de Chiloé, tras la sangría que significó el apoyo a la causa realista durante la Independencia y la concreción de importantes reformas en el plano social y político. En 1829 comenzó el proceso de mensura de las tierras de comunidades indígenas y la subasta pública de tierras fiscales, dando origen a la pequeña propiedad campesina que caracterizaría al archipiélago en los dos siglos sucesivos. Asimismo, la igualdad de derechos jurídicos de blancos, mestizos e indígenas, así como la creación del obispado de Ancud en 1840, que fue subdividido en parroquias que reemplazaron al antiguo sistema misional vigente en el período colonial, sentaron las bases de un nuevo sistema de relaciones sociales.

En 1843 zarpó de Ancud la expedición que fundó el Fuerte Bulnes en el Estrecho de Magallanes, momento que representa el inicio de la corriente migratoria hacia los territorios australes de Chile y Argentina. Sin embargo, la emigración sólo se hizo masiva en el último tercio del siglo XX, motivada por las escasas perspectivas que ofrecía la economía chilota del siglo XIX, la consolidación de la economía ovina en Magallanes y la Patagonia argentina y el auge de la explotación del ciprés en las islas Guaitecas y el litoral de Aysén.

Chiloé, a principios del siglo XX presentaba ciertos avances en el plano económico y social. En 1912 se construyó un pequeño ferrocarril entre Castro y Ancud y, aunque el intento de instalar colonos europeos en la isla (1896) fracasó en su conjunto, algunos de los inmigrantes permanecieron en ella y contribuyeron a su desarrollo con la instalación de industrias como la lechería o la cervecería. La economía del archipiélago seguía girando en torno a la exportación de maderas finas como el ciprés o el alerce, aunque la gran mayoría de la población continuó en el marco de una economía de subsistencia.

El terremoto de 1960, que virtualmente arrasó el archipiélago, marcó el inicio de tres décadas de grandes cambios económicos y sociales. Chiloé entre 1960 y 1990 se integró definitivamente al país a partir del mejoramiento de los transportes y la introducción de relaciones económicas capitalistas que transformaron la tradicional economía de subsistencia, con la instalación de la industria salmonera, la apertura de mercados de exportación de productos marinos y el auge del turismo.