Al regresar a España después de participar en la expedición científica al Ecuador, a fines de 1746, Jorge Juan y Antonio de Ulloa fueron contactados por el Secretario de Marina, marqués de la Ensenada, para que redactaran un detallado informe sobre la realidad hispanoamericana que habían conocido en el transcurso de su misión. La alta burocracia hispana deseaba evaluar el verdadero estado militar, administrativo y eclesiástico de los dominios americanos de la corona, pues la dinastía borbónica estaba empeñada en garantizar la defensa de sus posesiones ultramarinas y de este modo asegurar los recursos que le permitieran a España recuperar el poder y el prestigio que alguna vez tuvo en el concierto europeo. Se preparaban drásticas reformas para el Nuevo Mundo y el informe de Juan y Ulloa era el diagnóstico de la realidad que se intervendría.

El informe, con carácter reservado, fue redactado en 1747 y originalmente se imprimieron sólo seis copias para ser repartidas entre Fernando VI y sus colaboradores más cercanos. El texto recién se conoció en 1826 cuando David Barry lo publicó en Londres. El título completo es una buena síntesis de su contenido: Noticias secretas de América sobre el estado naval, militar, y político de los reinos de Perú y provincias de Quito, costas de Nueva Granada y Chile. Gobierno y régimen particular de los pueblos de indios. Cruel opresión y extorsión de sus corregidores y curas: abusos escandalosos introducidos entre estos habitantes por los misioneros. Causas de su origen y motivos de su continuación por espacio de tres siglos. El libro consta de dos tomos y está redactado en el mismo estilo que las demás obras de los autores, lo que indica su autenticidad.

En el primer tomo, Juan y Ulloa se abocaron a la descripción de las fuerzas militares en las costas del Pacífico, el estado de los puertos y la Armada del Mar del Sur. Estos asuntos eran bien conocidos por ellos, puesto que entre 1740 y 1743 colaboraron con el virrey del Perú en los preparativos para enfrentar un asalto inglés en el litoral del Pacífico. En esa ocasión, los marinos colaboraron en la reparación de fortificaciones costeras, en la reorganización de la maestranza de El Callao para reparar y ampliar la artillería disponible, en la construcción de barcos de guerra en los astilleros de Guayaquil e incluso, comandando naves de combate. En el segundo tomo describieron el ámbito civil y entregaron sus impresiones respecto de la infraestructura de ciudades y aldeas; la composición social y racial de la población; las autoridades, los corregidores y sus formas de mando; especial atención prestaron a los asuntos eclesiásticos, así como a la situación de los indígenas.

El resultado, más que un diagnóstico, fue una denuncia de la desidia y abusos de las autoridades, la relajación de la vida militar, el contrabando, los fraudes, la vida disipada de los religiosos y la explotación de los indios, y ha contribuido a validar el estigma de la leyenda negra que pesa sobre la obra colonizadora de España en América. En su tiempo, Juan y Ulloa fueron criticados por su actitud arrogante. Más tarde, se demostró que nunca estuvieron en muchos de los lugares descritos y que se basaron en textos de otros autores. Sin embargo, es poco probable que sus apreciaciones fuesen muy distintas de la realidad y su formación científica le confiere al texto un rigor poco común en otras fuentes historiográficas.

No obstante las críticas, la relevancia del documento es incuestionable, pues, a partir de la segunda mitad del siglo XVIII, fue el principal referente de la realidad americana que los consejeros de los borbones españoles tuvieron en consideración al momento de introducir reformas políticas, administrativas y militares en el Nuevo Mundo.