Durante el desarrollo del dominio colonial y de instalación de un comercio estable con la metrópoli, España, en Chile y el resto del continente americano se explotaron diferentes rutas comerciales para abastecer a las colonias o para enviar productos desde América a Europa. Estas rutas se consolidaron en el transcurso del siglo XVIII, y, además, se mejoró la tecnología naviera, con la finalidad de dar mayor rapidez a la circulación y mejorar las condiciones en que viajaban los productos y personas.

Una de las rutas más importantes fue la del Cabo de Hornos, en el Estrecho de Magallanes, la que fue ocupada para el comercio por navieros franceses y españoles desde principios del siglo XVIII como consecuencia de la Guerra de Sucesión y de la nueva alianza entablada entre España y Francia. Desde los canales australes, las flotas utilizaron la corriente de Humboldt para dirigirse hacia el norte, donde pasaban por Chiloé, Concepción y Talcahuano, Valparaíso, Iquique y el Callao, entre otros puertos del Océano Pacífico. Dependiendo del destino, carga y descarga, estos navíos seguían más hacia el norte o retornaba por el océano interior. Lo anterior generó un comercio regular normado, fiscalizado y con cargas impositivas aduaneras entre España y las colonias o entre las propias gobernaciones y territorios del sur continental.

Otras rutas desde España fueron las del Caribe hasta Veracruz, donde se almacenaba, distribuía y revendía para abastecer al Virreinato de Nueva España. Desde Cartagena de Indias se abastecía a el Virreinato de Nueva Granada. Y desde Portobelo el cargamento de los galeones atravesaba el istmo de Panamá y en esa ciudad se reembarcaba hacia el Callao, donde se almacenaba y distribuía al resto de Sudamérica.

En un principio se permitió extraoficialmente el uso de estas rutas, por estar aún vigente el sistema de flotas y galeones entre Callao en Perú, Portobelo en Panamá y Cádiz en España. Sin embargo, el comercio de contrabando por el Cabo de Hornos se propagó rápidamente, proporcionando un significativo impulso a las ciudades de Buenos Aires, Concepción y Valparaíso, que rápidamente obtuvieron un carácter comercial y cosmopolita y donde se instalaron las principales familias y casas relacionadas con dicho rubro, donde era frecuente ver naves portuguesas, norteamericanas, francesas, turcas, prusianas, suecas y hasta inglesas. Estos últimos -junto a holandeses- centraron su comercio y actividad marítima sobre todo a través de la piratería.

Con el correr del tiempo y el fracaso del sistema de flotas y galeones, el comercio de contrabando se incrementó despertando una fuerte preocupación en el Perú, antes eje del sistema de monopolio.

No obstante, en 1739 Portobelo fue arrasado por los ingleses y en 1740 la corona debió abrir oficialmente la ruta por el Cabo de Hornos para naves españolas, a pesar de la saturación del mercado chileno. En este contexto, los borbones implementaron la política de navíos de registro con el objetivo de incrementar el control metropolitano del comercio, disminuyendo el papel del virreinato peruano. A fines de la década de 1770, Lima siguió perdiendo su rol como eje articulador del comercio colonial al establecerse el virreinato de la Plata en 1776 y el libre comercio entre todos los puertos españoles y América en 1778 (Ross, Agustín. Reseña histórica del comercio de Chile durante la era colonial. Santiago de Chile: Impr. Cervantes, 1894, p. 1-200).