Algunos cronistas del siglo XVI -principalmente Pedro Mariño de Lobera-, relatan que el primer crimen de impacto público en Chile ocurrió en Santiago, hacia 1569. Bernabé Mejía, un connotado vecino de la ciudad, cometió seis asesinatos contra miembros de su propia familia. Más tarde, en 1581 -siguiendo al mismo autor-, Juan Caballero ejecutó el primer infanticidio. Ambos hechos han sido consignados y profundizados por los historiadores Diego Barros Arana y Benjamín Vicuña Mackenna. Las Actas del Cabildo de dicha ciudad son, también, una valiosa fuente en las cuales se mencionan numerosos delitos perpetrados por diversos miembros de la sociedad.

La ambición de los conquistadores españoles produjo que cada juicio de residencia fuera una oportunidad para imputar delitos y crímenes a las autoridades. Ni siquiera Pedro de Valdivia estuvo ajeno a las pasiones de sus detractores, quienes lo acusaron de asesinar a sus oponentes políticos y, también, de vivir amancebado con Inés de Suárez, provocando un proceso judicial en Perú durante 1548. El vínculo entre la Iglesia y el Estado, provocó que los delitos fueran sancionados también como pecados. Como cualquier infracción a los mandamientos de Dios era considerada un delito, el gobernador fue obligado a traer a su esposa Marina Ortiz de Gaete para realizar una vida maridable.

Según Mellafe, la Conquista y la Colonia presentan un panorama criminal extremadamente complejo, debido a "la confluencia de diferentes culturas que tenían modos distintos de concebir la falta y el castigo" (Mellafe, Rolando. Interpretación histórica-metodológica de la delincuencia en Chile del siglo XX, p. 23). El derecho indiano asumió un carácter casuístico en dicha sociedad, tipificando los delitos en consideración a la singularidad de cada casta. Así, hubo diversas ordenanzas para los negros, y también para los indígenas.

Desde una perspectiva de género, el delito femenino por excelencia fue la hechicería. Y uno de sus íconos fue (y es, aún) Catalina de Los Ríos y Lisperguer, más conocida como "La Quintrala". La mujer fue percibida durante este periodo como fuente de pecado para el hombre y, también, como un sujeto proclive a la lascivia. Para calmar ese ímpetu fue que se creó el espacio conventual femenino durante la Colonia. También, hubo una medida extrema, la creación de la Casa de Recogidas, un verdadero hospital de almas, destinado a reformar la "vida escandalosa y desviada" de las mujeres con castigos físicos e infamantes.

Así como existió una equivalencia entre pecado y delito, también la hubo entre improductividad y crimen. La sociedad colonial fustigó discursivamente y en la práctica a "ociosos, vagabundos y malentretenidos", quienes fueron objeto de preocupación permanente para los gobernadores chilenos del siglo XVIII. Al ofender con su vagancia la virtud del trabajo, se sentó contra estos grupos un prejuicio, una sospecha generalizada de deshonestidad, especialmente notoria en los casos en que los sujetos impugnados no ejercían actividades lícitas demostrables. Uno de los primeros gobernadores en preocuparse de frenar este auge de la criminalidad, asociado a los sectores marginales del Santiago colonial a mediados del siglo XVIII, fue el gobernador Manuel Amat y Junient, según lo establecido por Vicuña Mackenna. Lo llamaban el "domador de la plebe", "que era el confuso i brutal amasijo de todas las castas de la colonia" (Benjamín Vicuña Mackenna. Historia crítica y social de la ciudad de Santiago. Tomo 2, 1869, p. 124).

Varios homicidios de esta época culminaron con la pena de muerte a petición de la Real Audiencia.