Entre el archipiélago de Chiloé y la península de Taitao deambulaban, a la llegada de los españoles, bandas de cazadores-recolectores que fueron denominados genéricamente, Chonos. Organizados en pequeños grupos, viajaban sobre canoas de tablas cosidas llamadas dalcas, dedicándose a la caza de lobos marinos, peces y aves, así como a la recolección de mariscos, labor que realizaban las mujeres. Tuvieron contactos culturales con sus vecinos huilliches de la isla grande de Chiloé e incluso, en la zona sur de la isla se mezclaron con éstos formando un grupo mestizo que los huilliches denominaban payos.

Tras la conquista española de Chiloé y el establecimiento del sistema de encomiendas en la isla en 1567, los Chonos establecieron vínculos más permanentes con la población chilota. Tras repetidos viajes de misioneros jesuitas a los archipiélagos de las Guaiytecas y Chonos para evangelizar a los indios, un grupo de Chonos se estableció en 1710 en la isla Guar, a la entrada del canal de Chacao. Los jesuitas instalaron allí una misión, cuya corta existencia no fue obstáculo para el progresivo mestizaje y aculturación de un pueblo que, ya hacia fines del siglo XVIII, había desaparecido como tal, y se había mezclado con el común de la población chilota.