Los aerófonos son los instrumentos que producen sonido por medio de la vibración de aire dentro de un cuerpo. La variedad de estos instrumentos es amplia y se comparte con varios países del área andina, aunque en Chile predominan algunas formas específicas, como la quena. La quena es, sin duda, el aerófono tubular prehispánico de mayor difusión en la zona norte o área de dispersión andina, plenamente vigente en zonas apartadas y cuya práctica se ha visto largamente masificada en las zonas urbanas, debido a la presencia de la música de proyección folclórica y los conjuntos de música popular urbana.

La quena es un tipo de flauta vertical, con canal de insuflación y soplo directo, abierta en los extremos, con cinco o seis orificios adelante y uno atrás y hecha, por lo común, de caña de bambú. Su timbre incisivo le ha granjeado un lugar fijo en la interpretación de huaynos, cuecas y taquiraris; se acompaña con bombos, cajas o charangos y la escala musical que emite es la equivalente a la diatónica europea (como las teclas blancas de un piano) en las tonalidades de Do, La o Re. A pesar ello, el uso folclórico de la quena recrea melodías que usualmente están construidas sobre escalas de cinco notas (pentafonía), lo que podría atribuirse a su ancestro pre-colombino incaico.

Otro aerófono es el lichiguayo. El lichiguayo o quena grave es similar a la quena pero de dimensiones mayores, alcanzando un sonido más grave (una octava más abajo) que le otorga una efecto de aire susurrante; se utiliza en las Regiones I y II de Chile y, según algunos investigadores, es originario de la cultura quechua y aymará. En esta misma línea aparece el prehispánico aerófono llamado pinkillo o pinkullo. Semejante a la quena, aunque de sonido más pastoso, sus cualidades organográficas son el tener cuatro, cinco o seis orificios adelante y uno atrás y poseer canal de insuflación; se utiliza en las mismas regiones que el lichiguayo, con función festiva y ritual.

La flauta es otros de los aerófonos característicos de esta familia, pero de uso especial. En el caso de su uso folclórico en Chile, se utiliza especialmente en los Bailes de Chinos, danzas propias de las festividades religiosas que se efectúan de acuerdo al calendario litúrgico de la iglesia católica, entre la primera y quinta regiones del país. La función coreográfica de la flauta (flautón o flauta de Chino) se observa en la Fiesta de La Tirana (Región I), La Candelaria (Región III), Virgen de Andacollo (Región IV) y Corpus Christi (Región V).

Técnicamente, la flauta es un aerófono monofónico tubular de filo, vertical y recto y cerrado en su extremo inferior, es decir, carente de canal de insuflación. Esto es importante destacarlo, pues el término flauta designa, generalmente, al conjunto de instrumentos de cinco o seis aberturas y embocadura para soplar, cuyo uso no folclórico tiende a confundirlo con la quena; también se asocia con los pitos o flautillas, de uno o dos agujeros, instrumentos no ceremoniales con limitadas posibilidades.

El clarín es otro miembro de esta lista. Instrumento propio del sistema musical atacameño y de origen prehispánico, se utiliza en algunas ceremonias de la II región de Chile. Organográficamente es un tipo de trompeta tubular, recta y lateral, con embocadura de soplo directo. Con afinación en Sol Mayor, emite tres notas (sol, si, re), habiendo una cuarta posible, que es la octava de la nota Re. Esto lo convierte en un instrumento trifónico.

Zampoña es la denominación genérica que se utiliza para designar una clase de flauta de pan propia de la I Región del país. Este término, palabra hispana que en aymará se conoce como siku (sikuri o sicura) y en quechua como antara, designa un aerófono de soplo y filo formado por una serie de tubos monófonos contiguos sin canal de insuflación. Conocida también como laca o pusa, la zampoña posee diversas formas y tamaños. Desde este punto de vista, el siku hace únicamente una escala diatónica, por lo que se necesitan dos de ellos para hacer una escala de mayor complejidad (escala de 12 semitonos o cromática); por este motivo a veces se acota el término zampoña diciéndose "zampoña simple" o "zampoña doble", según sea el caso. Respecto de su origen, el investigador Alejandro Henríquez, señala que su aculturación se produjo al intentar replicarse los tubos de órgano que la Orden Jesuita introdujo en el Virreinato del Perú, durante la época de la Colonia.

Otros aerófonos son el putú (pututo o erkencho), trompeta natural con embocadura de soplo directo capaz de levantar armónicos, que posee función ritual en la II Región del país; la tarka, grueso aerófono tubular de soplo con canal de insuflación, seis agujeros y tesitura o ámbito melódico de una octava y media; y la ocarina, instrumento arcilloso del norte chileno hoy casi extinguido.