Isabel Allende fue nominada al Premio Nacional de Literatura los años 2002 y 2010. En ambas ocasiones se generó controversia en torno a su candidatura ya que escritores, críticos y académicos consideraron que dicha nominación desvirtuaba el principio de trayectoria, calidad y aporte a las letras chilenas que debía distinguir el galardón pues, según sus visiones, al otorgarle el galardón a Allende se privilegiaría el éxito de ventas por sobre otras cualidades literarias.

El año 2002 la candidatura de la autora fue presentada por Pablo Huneeus. Escritores como Carlos Franz, Roberto Bolaño y Jaime Collyer problematizaron el carácter del Premio Nacional y los criterios políticos o de conveniencia que se revelaban en la selección. Roberto Bolaño, sostuvo de manera tajante: "Me parece una mala escritora simple y llanamente, y llamarla escritora es darle cancha. Ni siquiera creo que Isabel Allende sea escritora, es una escribidora" (Gómez, Andrés. "Isabel Allende es mala escritora". La Tercera, 19 de mayo de 2002, p. 49).

Delia Vergara, exdirectora de revista Paula, fue la encargada de presentar la candidatura de Isabel Allende el año 2010. En dicha ocasión los demás postulantes fueron Poli Délano, Germán Marín, Jorge Guzmán y Antonio Skármeta. Nuevamente surgieron discusiones en torno a los méritos de la autora para obtener el premio, el cuestionamiento sobre la constitución del jurado -que en su mayoría no era especialista en el área- y el verdadero significado del galardón. Esta vez la controversia fue aún mayor porque Isabel Allende recibió el apoyo de los cuatro expresidentes del país miembros de la Concertación de Partidos por la Democracia, así como una petición oficial de la Cámara de Diputados que fue enviada al Ministro de Educación Joaquín Lavín, miembro del jurado. Además, manifestaron su adhesión a la candidatura de Isabel Allende escritores como Pablo Simonetti, Roberto Ampuero, Marcela Serrano, Elizabeth Subercaseaux, Teresa Calderón, Pía Barros, Carla Guelfenbein, Delia Domínguez, Alicia Morel y Jorge Edwards.

Una vez que el premio le fue otorgado a Isabel Allende, los escritores que la apoyaron declararon su satisfacción. Roberto Ampuero dijo: "es un acto de justicia suprema hacia la escritura chilena más universal. Se lo merecía y Chile se lo debía hace rato" (Careaga, Roberto. "Este es el mayor premio que he recibido en mi vida". La Tercera. 3 de septiembre de 2010, p. 52), mientras que Delia Domínguez opinó respecto al mérito de Allende que "demostró que no se necesita ser docto ni académico para entender la literatura" (Ibíd.). Por otra parte, autores como Armando Uribe, también ganador del mismo premio, declaró: "Es el triunfo del capitalismo, cuya ideología triunfa en Chile y en el mundo. Me avergüenza tener este premio" (Ibíd.).