La Universidad de Chile era en la época de la reforma la más importante del país. Su prestigio nacional e internacional era consecuencia de una extensa tradición científica e intelectual impulsada por hombres notables como Andrés Bello, José Joaquín Aguirre, Diego Barros Arana y Valentín Letelier entre otros. En términos ideológicos la Universidad de Chile era pluralista. La Federación de estudiantes, FECH, había criticado el carácter profesionalizante de la enseñanza en la universidad y la falta de preocupación por el desarrollo de la investigación y la ciencia. No obstante los primeros planteamientos reformistas en la Universidad de Chile se dieron en el marco de un proceso general de reformas impulsado en el país por el gobierno demócrata cristiano a partir de 1964. De hecho una de las aspiraciones reformistas era adecuar la universidad a los procesos de cambio que enfrentaba la sociedad chilena. En 1966 se realizó una convención de estudiantes pro reforma universitaria donde se criticó duramente el "crecimiento inorgánico", la "universidad profesionalizante", la "hipertrofia administrativa" y el "gobierno oligárquico". Las posiciones de los estudiantes se polarizaron entre los partidarios de la Democracia Cristiana que se negaban a la participación de los estudiantes en la generación de las autoridades y los simpatizantes de la izquierda que propiciaban el denominado co- gobierno.

Para dirimir la participación estudiantil en el gobierno de la universidad se convocó a un plebiscito en el que triunfaron las posiciones democratacristianas lo cual implicó también que se instalasen divisiones más profundas al interior del movimiento estudiantil. A fines de 1967 la Facultad de Filosofía y Humanidades, dirigida por Hernán Ramírez Necochea, comenzó un proceso de reflexión que terminó aprobando la idea del co-gobierno y trasgrediendo con ello los acuerdos del Consejo Universitario y de la directiva de la FECH. En este contexto, el decano de la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales, Eugenio Velasco, propuso intervenir la Facultad de Humanidades. El conflicto indujo al rector Eugenio González a presentar su renuncia. El vacío de poder originado impulsó a la FECH a tomar la Casa Central de la Universidad, la cual se mantuvo hasta la firma de un Acta de Acuerdo con el rector interino Ruy Barbosa en junio de 1968. No obstante este arreglo no logró contener o conducir el proceso de reforma al interior de la Universidad de Chile. La lucha por el poder y los intereses político partidistas terminaron por paralizar la reforma.

En 1969 Edgardo Boeninger fue elegido rector de la universidad, pero no logró imponer cabalmente su programa de reformas. Así, el problema de la conducción de la reforma no logró ser resuelto con las propuestas del nuevo rector. La designación de Salvador Allende como Presidente de Chile en 1970 repercutió profundamente en el proceso de reforma de la Universidad de Chile, el cual se confundió, finalmente, con la lucha por el poder en el país.

Tras el golpe de Estado de 1973 las medidas contra la Universidad de Chile fueron sin contemplaciones, resueltas y duras y consistieron básicamente en la depuración de los académicos, la instauración de rectores delegados, la amputación de las sedes provinciales y la disminución del aporte estatal. El proceso de reforma universitaria concluía así en la Universidad de Chile y daba paso, al mismo tiempo, a una contrarreforma que la transformaría radicalmente.