En 1501, estimulado por el ejemplo de Cristóbal Colón, Vasco Núñez de Balboa (1475-1519), con 25 años, viajó al Nuevo Mundo bajo el mando de Rodrigo de Bastidas. A su arribo encabezó una exploración por el margen oriental del istmo de Panamá y parte de la actual Colombia. Las ganancias que obtuvo le permitieron comprar, al año siguiente, una propiedad en La Española, que intentó rentabilizar por medio de la agricultura. Para su desgracia, la producción se complicó y pronto las deudas le obligaron a buscar otras vías de subsistencia. Fue así como el conquistador extremeño se enteró de la iniciativa del Rey Fernando el Católico (1452-1516) para extender su poderío sobre las regiones de Tierra Firme.

En 1509, Núñez de Balboa y su perro Leoncico se embarcaron clandestinamente en una expedición comandada por Martín Fernández de Enciso, Alcalde Mayor de Nueva Andalucía. Este buscaba consolidar el control de sus dominios frente a los indígenas que se habían rebelado contra su protegido, el gobernador Alonso de Ojeda. Cuando el ilustre polizón fue sorprendido se libró de la muerte arguyendo que su gran conocimiento territorial podría ser de utilidad en acciones militares y de exploración. No solo se le perdonó la vida, sino que pronto ganó respeto y autoridad entre los tripulantes.

Alonso de Ojeda huyó a La Española antes de la llegada de Fernández, dejando a cargo de la resistencia del poblado de San Sebastián a Francisco Pizarro, quien en unos años se convertiría en el conquistador del Perú. La recién llegada expedición pronto sufrió la ofensiva indígena. Los conquistadores debieron replegarse hacia la fértil zona panameña del Darién a indicación de Núñez de Balboa, cuyo liderazgo fue imponiéndose al del Alcalde Mayor, quien era tenido por avaro y autoritario. Tras derrotar a los indios del cacique Cémaco, los españoles no tuvieron mayor resistencia de los aborígenes y, en septiembre de 1510, con el consejo de Núñez de Balboa, Fernández de Enciso fundó Santa María la Antigua del Darién, el primer enclave español permanente del continente americano.

Poco tiempo pasó para que el Alcalde Mayor fuese derrocado, y, luego de celebrarse el primer Cabildo abierto del Nuevo Mundo, Martín Samudio y Vasco Núñez de Balboa fueron electos en su reemplazo. El poder político de este último se amplió hasta ser gobernador de Veragua, en lugar de Diego de Nicuesa (1464-1511). Alentado por su éxito, emprendió la conquista del istmo de Panamá.

A principios de 1513 Núñez de Balboa tuvo noticias sobre un enorme océano que se encontraría hacia el sur. Entusiasmado, y tras fracasar en el reclutamiento de hombres en La Española, intentó conseguir refuerzos desde España gracias a las gestiones de Enrique de Colmenares. No obstante, le fue negada toda ayuda, pues las noticias sobre la destitución de Fernández de Enciso molestaron a la Corte. Este contratiempo no impidió que el 25 de septiembre de 1513 fuese avistado -por primera vez por un español- el Océano Pacífico. Su toma de posesión fue efectuada cuatro días más tarde. Desde ese momento se ha considerado a Vasco Núñez de Balboa como el legítimo descubridor del Mar del Sur.

A principios de 1514, el conquistador con su hueste habían reunido un cuantioso botín. De él se extrajo un quinto para entregarlo como tributo al Rey, quien supo con beneplácito del descubrimiento de un nuevo océano. Sin embargo, en julio de ese mismo año llegó a América Pedro Arias de Ávila, conocido como Pedrarias Dávila, para ocuparse del gobierno de la nueva provincia de Castilla de Oro, nombre con que se denominaron, en un principio, los territorios comprendidos entre el golfo de Urabá -en el norte colombiano- y parte de la vertiente caribeña de la actual Nicaragua. Apenas asumió Pedrarias, Gaspar de Espinosa -uno de sus colaboradores- apresó a Vasco Núñez de Balboa y lo sometió a proceso. Fue liberado luego de cancelar una indemnización por los perjuicios causados a Fernández de Enciso. Pronto se dispuso a participar en la búsqueda de nuevos territorios para quitar presión demográfica al poblado de Santa María, pero su empresa fue desafortunada, pues culminó en un hecho que desataría la furia del gobernador: sin solicitar autorización, Núñez de Balboa se aprestó a continuar su exploración del Mar del Sur con un barco y una tripulación provenientes de Cuba.

Para su fortuna, el arzobispo de Quevedo junto a la influyente Isabel de Bobadilla -esposa de Pedrarias- se confabularon para casarlo con María de Peñalosa, hija del gobernador. Ello ocultó, transitoriamente, el enojo de Arias de Ávila. La suerte parecía sonreírle, pues, en reconocimiento de sus servicios, la Corona lo invistió como Adelantado del Mar del Sur y Gobernador de Panamá y Coiba. Consentido a regañadientes por Pedrarias, Núñez de Balboa realizó una gran expedición por los mares recién descubiertos entre 1517 y 1518. Sin embargo, fue emboscado a su regreso por un grupo de hombres comandados por Francisco Pizarro, quien estaba a las órdenes del gobernador. Fue acusado de intentar crear un gobierno independiente y de conspirar contra su suegro. En un juicio irregular, fue condenado a la decapitación el 15 de enero de 1519.