Después del descubrimiento de América, muchos judíos, "marranos" o "portugueses", según se les denominaba en la época, se entusiasmaron con la idea de venir al Nuevo Mundo como una alternativa para evadir la persecución de las autoridades españolas. Así, el grueso de la inmigración judía se efectuó durante los primeros años de ocupación y conquista, cuando aún no se establecía la Inquisición en las tierras recién descubiertas. Esta aparente tranquilidad sólo duró hasta 1528 cuando, uno de los conquistadores de México, Hernando de Alonso, fue quemado en la hoguera junto a otros judíos en el primer "auto de fe" celebrado por la Inquisición en América. En 1570, llegó a Lima el inquisidor Serván de Cerezuela y al año siguiente se estableció la Inquisición en México. En estas circunstancias la costa de Venezuela se transformó en el camino más expedito utilizado por los "portugueses" para ingresar al nuevo continente. No obstante, en 1610, se estableció un tribunal de la Inquisición en Cartagena de Indias lo cual obligó a los judíos a buscar nuevas rutas. Una de éstas se dirigió por el Atlántico hacia el sur lo que implicó que, desde principios del siglo XVII, se estableciera un importante núcleo de "marranos" en Buenos Aires, el que se irradió al resto del cono sur.

Entre los primeros conquistadores de Chile también llegaron descendientes de judíos entre los que destacaron Diego García de Cáceres, Francisco de Gudiel, Pedro de Omepezoa, Alonso Álvarez, Juan Serrano Pedro de Salcedo y el teniente general de la expedición de Diego de Almagro, Rodrigo de Oroño. Sin embargo, uno de los casos más notables en la historia de los judíos en Chile y América lo constituyó la trágica y heroica figura del cirujano penquista Francisco Maldonado de Silva.

Con la independencia de Chile se flexibilizaron las restricciones al ingreso de extranjeros lo que permitió el paulatino ingreso de hombres y mujeres de distintas nacionalidades y credos religiosos al país. En este escenario, durante la primera mitad del siglo XIX, arribaron judíos franceses y alemanes a Valparaíso, mientras a que partir de 1850, llegaron junto a los colonizadores que se radicaron en el sur de Chile. En 1860, la apertura de la política de inmigración permitió el aumento de la afluencia de judíos, mayoritariamente rusos y polacos. Hasta entonces, la comunidad hebrea se adaptó a la realidad local, abandonó su identidad y se unió a la socidad chilena a través del comercio y matrimonios.

Entre 1880 y 1930 se desarrolló una importante inmigración de judíos desde el desintegrado Imperio Turco hacia nuestro país. Este componente migratorio fue el generador de las instituciones y de la vida judía como colectividad, identidad que se consolidó luego de la Primera Guerra Mundial y la Revolución Rusa, eventos que motivaron el éxodo sefardita desde Europa Oriental a América y Chile.

Sin embargo, la fase migratoria judía más significativa se produjo a partir de la década de 1930, debido a la persecución nazi en Europa Central y Oriental.

En este contexto, durante el segundo mandato del presidente Arturo Alessandri Palma, se acordó con la comunidad judía, permitir el ingreso de un número limitado de familias por año. A partir del gobierno de Pedro Aguirre Cerda estas restricciones fueron eliminadas, generando un gran flujo de refugiados judíos, lo que se vio revertido dos años después trás el escándalo de corrupción en el que se vinculó a funcionarios de la cancillería en cobros ilegales de dinero a cambio de agilizar los trámites de internación.

Sólo después de 1945, volvió a existir la política de puertas abiertas hacia la comunidad judía.