A mediados de 1829 se realizó una elección presidencial conforme a los preceptos de la Constitución de 1828, resultando reelecto como Presidente de la República, Francisco Antonio Pinto. La segunda y tercera mayoría, fue obtenida por los conservadores Francisco Ruiz-Tagle y José Joaquín Prieto, respectivamente. Sin embargo, la mayoría liberal del Congreso designó como vicepresidente a Joaquín Vicuña, quien había obtenido la cuarta mayoría. Esta situación desencadenó una rebelión de la oposición -pelucones, estanqueros y o'higginistas- que culminó con la renuncia de Pinto y la entrega del poder al Presidente del Congreso, el liberal Francisco Ramón Vicuña. Paralelamente, se había producido la rebelión del ejército del sur comandado por José Joaquín Prieto, quien avanzó hacia Santiago donde, al mismo tiempo, los conservadores comandados por Diego Portales organizaban un levantamiento. Era el comienzo de la guerra civil de 1829 y 1830.

El gobierno liberal organizó su ejército, al mando de los generales Francisco de la Lastra y Benjamín Viel, quienes salieron al encuentro de las tropas de Prieto. El 14 de diciembre de 1829 se llevó a cabo la batalla de Ochagavía, donde no hubo vencedores y se llegó al acuerdo de poner a la cabeza del ejército y del gobierno al general Ramón Freire. Sin embargo, este acuerdo fracasó porque los conservadores en Santiago, liderados por Diego Portales, tomaron el mando y buscaron someter a Freire a su autoridad, situación que llevó a que éste último tomara partido por el bando liberal y dimitiera de su cargo. Así, mientras Freire marchaba hacia Coquimbo con algunas tropas, a fin de organizar una contrarrevolución; en Santiago, la Junta Provisional nombró Presidente a Francisco Ruiz-Tagle quien, presionado por Portales, renunció y entregó su mando al vicepresidente Tomás Ovalle quien nombró a Diego Portales como Ministro del Interior, Guerra y Marina, y Relaciones Exteriores.

El conflicto continuó hasta el decisivo 16 de abril de 1830, fecha en la que se desarrolló la batalla Lircay, cerca de Talca, donde Freire fue derrotado por Prieto, consolidándose el fin del gobierno liberal y el comienzo de la denominada "época portaliana".