Llegado al Perú en 1572, el jesuita José de Acosta tuvo un papel de primera importancia en la definición de los métodos misionales que debían emplearse en la evangelización de los pueblos andinos. Nombrado superior provincial de la Compañía de Jesús en 1576, escribió varias obras relativas al tema y participó activamente en el tercer Concilio Limense de 1582-1583, en el que se estableció la doctrina, el catecismo y la organización global de la evangelización de los pueblos indígenas andinos.

Llamado a España por el Rey en 1585, permaneció sin embargo tres años en México, en donde estudió el país y sus habitantes. Una vez en España, en 1590 publicó Historia natural y moral de las Indias, extensa obra en la que realiza una detallada descripción de los ritos, costumbres y narraciones orales de los pueblos indígenas de México y el Perú, así como de la geografía, flora, fauna y riquezas naturales del nuevo mundo.