En las postrimerías del proceso independista, el territorio de Arauco o de la Araucanía -reconocido así por la administración colonial española y luego por la república chilena-, Ngülumapu o Gulumapu -concepto utilizado por los mapuche para referirse a las tierras habitadas por ese pueblo al lado occidental de la Cordillera de los Andes- se encontraba intervenido por la guerrilla de restauración monárquica española, que se alió con algunos mapuche wenteche (conocidos como "arribanos" por vivir en las tierras cercanas a la cordillera, huenteches en su denominación castellanizada), en contra de la nueva república durante la llamada Guerra a muerte (1819-1824), en la que bandoleros y montoneros, que asolaron las haciendas, demostraron la debilidad de las nuevas autoridades criollas de la zona.

A esta situación se sumaron las revoluciones liberales de 1851 y 1859, en las que participaron agrupaciones mapuche lideradas por el toqui y ñidolongko Juan Mañilwenü (Mangil Wenu, castellanizado como Mangin Hueno o Mañil Bueno) (1790-1862). En ese contexto de guerrilla y posicionamiento del Estado nacional chileno, nagche o nagpuleches ("abajinos" o costeños) y wenteche, y otros grupos habitantes de la zona central y la costa de la provincia de Arauco, se vieron forzados a tomar posición frente a estos eventos para mantener sus intereses intactos y no perder su dominio territorial, tal como lo hicieron durante el periodo colonial.

Otro fenómeno que tensionó las relaciones entre el Estado chileno y los mapuche fue la colonización de tierras agrícolas en la Araucanía y el avance de los colonos alemanes desde el sur, debido al auge cerealero, propiciado por la fiebre de oro en California en 1848 que demandó productos alimenticios y la llegada de nuevos contingentes colonizadores desde Europa.

Este proceso se caracterizó por el gran número de fraudes para la enajenación y usurpación de las tierras mapuche y por diversos conflictos de convivencia entre estos y los colonos, además del actuar corrupto de funcionarios del gobierno local y de los jueces encargados de mediar en dichos conflictos.

Otra problemática fue la aparición del aventurero francés Oréllie Antoine de Tounens (1825-1878), quien tras entrar en contacto con varios longkos de la zona de Valdivia, entre ellos José Santos Külapang (Quilapán), se proclamó Rey de la Araucanía y la Patagonia y generó un inconveniente diplomático con Francia, que se encontraba en proceso de expansión colonial en otras partes del mundo y también un problema fronterizo con Argentina.

Debido a lo anterior y al interés del Estado por conocer el territorio, anexarlo y unificarlo, fomentar la agricultura, la ganadería, la extracción de carbón mineral y otras industrias, el gobierno central consideró como prioridad la ocupación y colonización de los territorios mapuche reconocidos como tal por el Estado colonial, el que pasó a ser tema de debate político en el país. En 1861, por ejemplo, Cornelio Saavedra Rodríguez (1821-1891) propuso un plan de ocupación progresiva del territorio mapuche, que consistió en construir una línea de fortificaciones, la denominada línea del Malleco. Dicho proyecto fue rechazado en primera instancia y se implementaron las ideas del comandante y ex Intendente de Concepción José María de la Cruz Prieto (1799-1875).

El proceso de ocupación militar y colonización tomó décadas de desarrollo y se convirtió en una política de Estado, independiente de quien estuviera en el gobierno, de los partidos políticos y de quienes ocuparan los escaños del Congreso. Así, el periodo que va desde la Guerra a Muerte hasta el primer plan formal de ocupación y guerra defensiva fue liderado por los gobiernos de Manuel Bulnes Prieto (1841-1851), Manuel Montt Torres (1851-1861) y José Joaquín Pérez Mascayano (1861-1871); mientras que la guerra ofensiva, "pacificación" definitiva, colonización y control administrativo ocupó a los gobiernos del propio J. J. Pérez, Federico Errázuriz Zañartu (1871-1876), Aníbal Pinto Garmendia (1876-1881) y Domingo Santa María (1881-1886).

El concepto "pacificación" fue entendido y utilizado en el proceso de dos formas distintas. Por una parte, implicó la guerra directa contra las agrupaciones mapuche que se alzaron en armas -ya sea de manera esporádica a modo de guerrillas de asalto (malones) o a través de los levantamientos generales-, y, por otro lado, la política de reconstrucción de la "frontera" en el sur, de parlamentar o realizar acuerdos formales, tanto con los mapuche alzados para alcanzar treguas temporales o alcanzar la paz definitiva con aquellos lof (clan familiar o linaje) o ayllarewe (agrupaciones o confederaciones de clanes o linajes, aillarehue en su forma castellanizada) dispuestos desde un comienzo a hacer alianzas políticas, militares y comerciales con los líderes del Ejército y los gobiernos de turno (Bengoa, José. Historia del pueblo mapuche. Siglos XIX y XX. Santiago: LOM, 2017).

Cornelio Saavedra inició la campaña de fortificación en 1862, es decir, la construcción de fuertes militares defensivos a medida que avanzó la frontera. Esta inició en Mulchén, Negrete, Angol y Lebu. Los grupos indígenas rápidamente se dieron cuenta del carácter colonial del avance chileno y se organizaron en parlamentos para decidir la forma de proceder. A partir de estas conversaciones, el pueblo Mapuche se dividió en diferentes bandos, siendo los más confrontacionales los wenteche liderados por Külapang, quienes declararon rápidamente la guerra. Para enfrentar a los chilenos utilizaron diferentes estrategias, principalmente el avance ofensivo en malones sobre las ciudades y fuertes, para luego retroceder a las tierras cordilleranas, recobrar fuerzas, repartir botines, abastecerse y planificar nuevos avances.

Con la resistencia mapuche en alza y el avance ocupacional estancado, el gobierno de Errázuriz decidió poner en práctica el antiguo plan de Saavedra, dirigido por este como Ministro de Guerra. Las campañas de ocupación se desarrollaron en diferentes etapas, las que fueron asignadas y dirigidas por Saavedra entre 1862 y 1873, y, en el periodo posterior, 1873-1883, conferidas a los militares Juan Manuel Pinto (1818-1873), Basilio Urrutia (1816-1881) y Gregorio Urrutia (1830-1897). En un inicio, estas campañas se compusieron de maniobras defensivas y constantes parlamentos con los indígenas y luego avances violentos de "tierra arrasada" o quema de territorio, fundación de fuertes, pueblos y ciudades en las inmediaciones de los ríos Malleco y Toltén entre 1875 y 1883, formándose varias líneas defensivas en lo que se denominó posteriormente como "territorio de colonización".

Reprimido el último gran levantamiento mapuche de 1881-1882 que unió las fuerzas de nagche y wenteche, el Ejército recuperó importantes puntos estratégicos en las antiguas tierras mapuche, entre ellas las ruinas de Villarrica, donde se refundó esa ciudad y se conformó la línea defensiva cordillerana. Así comenzó la última etapa de la ocupación militar y colonización en la que se implementó la política estatal de radicación y reducción de indígenas, que disminuyó el poder militar y político de los longko, se intervino la estructura social y estratificación jerárquica de la sociedad mapuche, se impuso la fuerza a través de instituciones armadas como el Cuerpo de Gendarmes del Sur, se empobreció a muchas comunidades y se impuso el proceso de asimilación a la sociedad y cultura chilena, lo que generó la adaptación del pueblo mapuche y la formación de nuevas estrategias políticas a fines del siglo XIX y principios del XX (Marimán, Pablo. "Los mapuche antes de la conquista militar chileno-argentina". En ¡…Escucha, winka…! Cuatro ensayos de Historia Nacional Mapuche y un epílogo sobre el futuro. Santiago: LOM, 2006).

La actualización de este minisitio se publicó durante junio de 2023.