Tempranamente la Encomienda fue objeto de críticas por los círculos eclesiásticos e intelectuales del Nuevo Mundo, a raíz de la explotación indiscriminada, la privación de libertad, la usurpación de bienes y los efectos demográficos sobre los indios. En ese contexto, el rechazo que despertaba la Encomienda se inscribió en las debates acerca de la legitimidad de la conquista.

Bartolomé de Las Casas, fraile dominico residente en la isla La Española hacia 1531, fue célebre por profetizar la condenación eterna de los españoles, dado el trato impuesto a los indios; exhortos que influyeron en las cortes del Rey. Para el Padre Las Casas la defensa de los naturales de los tiranos españoles pasaba por desnudar las crueldades de los conquistadores ante las altas esferas de la administración colonial. Denunció que la fuente de todos los males era la Encomienda, la que definía como un sistema de explotación que favorecía la esclavitud de los indios. Las Casas había sido testigo del exterminio de las etnias nativas en las Antillas y el Caribe, donde por primera vez fue implementado el régimen.

La Corona percibió que además de estos males directos, los indios padecían la pérdida de sus cultivos, pues al atender las órdenes del encomendero, descuidaban sus cultivos y animales. Por esta razón hacia 1542 se decretaron las Leyes Nuevas que ordenaban el pago de un salario a los indios encomendados y se abolía la perpetuidad de la encomienda.

En Chile los cuestionamientos a las crueldades de los encomenderos desde el siglo XVI, tuvieron su coralario con la regulación del régimen por medio de tasas. Pero los abusos no se terminaron ahí, ya que hacia 1672 el Padre Diego de Rosales, miembro de la Compañía de Jesús, escribió un magistral tratado manifestando los inmensos y conocidos daños en los que vivían los indios de Chile, esclavizados por los servicios a las encomiendas.