Desde inicios del siglo XVIII se advirtió que la encomienda arrastraba un profundo desgaste. La notable disminución de los indios encomendados, la vigencia y permanente revisión del cuerpo legislativo que la rige y la persistencia de algunos encomenderos por mantener el sistema, son algunos de los rasgos que caracterizaron esta centuria que culminaría con la abolición definitiva del régimen.

Si bien la Encomienda inicialmente se proyectaba como un mecanismo institucional capaz de organizar a la población indígena bajo la protección de los encomenderos, incorporándolos al sistema civil por medio del trabajo y el tributo, la realidad distó mucho de esto, pues los encomenderos priorizaron exclusivamente la obtención de beneficios económicos. Desde los albores del siglo XVII, estos beneficios se vieron seriamente dañados debido a la progresiva merma de la población indígena, el desarrollo del mestizaje y el ocaso de algunos ejes productivos estratégicos como la minería aurífera. Esto llevó a que los encomenderos implementaran cambios en el tipo de trabajo que prestaban los indios.

Las encomiendas lograron continuar funcionando en el siglo XVIII, amparadas principalmente por la demanda de mano de obra en el mundo rural colonial. En 1720 los encomenderos se opusieron tenazmente a una Real Cédula que demandó a los oficiales Reales, Corregidores y Gobernadores recaudar el tributo indígena que pasaría a favor directamente de las Cajas Reales de la Corona. Hacia esta época la Encomienda poseía el desafío de adaptarse a las nuevas circunstancias económicas, políticas y sociales. El interés de la Corona española por recaudar mayores ingresos y ejercer mayor control y fiscalización en sus colonias, la disminución natural de la población indígena o el aumento de la mano de obra asalariada, fueron algunos de los cambios experimentados que delineaban la decadencia de este régimen.

El proceso de abolición definitiva de las encomiendas se llevó a cabo bajo el gobierno de Ambrosio O'Higgins. Preocupado por los problemas económicos y sociales del reino, emprendió una visita a sus partidos, descubriendo las injusticias que la población indígena sufría al alero de los encomenderos. Es así como el 7 de febrero, el gobernador emitió un edicto prohibiendo el servicio personal de los indios encomendados, aunque paradójicamente permitió que los encomenderos continuaran percibiendo dicho título. Finalmente, en 1791 se decretó el término de la vigencia de la Encomienda en Chile, indemnizando a los encomenderos por la pérdida del tributo.