Desde el siglo XVI las encomiendas en Chile tuvieron un carácter predominantemente de servicio personal, en que se explotaba mano de obra indígena por medio de turnos de trabajos en faenas mineras y agrícolas. Muchas haciendas y estancias fueron trabajadas a partir de indios enviados a instancias de las obligaciones impuestas por la encomienda de trabajo. Esta dinámica fue especialmente intensa hacia los inicios del siglo XVII, luego del agotamiento del oro extraído desde lavaderos en las riberas de ríos y esteros de la zona central, como el Marga-Marga.

Las encomiendas se extendieron por todo el Reino de Chile. En el siglo XVII y XVIII la zona de Copiapó, en el norte, basó parte del reclutamiento de la mano de obra para las minas, a partir de la encomienda. En zonas apartadas como Chiloé, los encomenderos lograron una importante autonomía del control de las autoridades peruanas y chilenas. Pero fue en Chile central donde el impacto y densidad de la encomienda de servicio alcanzó mayor intensidad. Posterior a la etapa de la conquista, en el siglo XVII la consolidación de grandes encomiendas y estancias que ilegalmente se apropiaron de tierras de indios y que reclutaban su fuerza de trabajo interviniendo sus pueblos, dio paso a la formación de una elite propiamente colonial de carácter aristocrático y señorial. Los valles del Aconcagua y el Maule recibieron importante ayuda de indios encomendados, mientras que las encomiendas desde Concepción a Osorno, aunque numerosas, padecieron para su desarrollo la inestabilidad de su proximidad a la frontera mapuche. El historiador Mario Góngora del Campo es el mayor especialista en la historia de la encomienda en Chile.