El Instituto de la Mujer surgió en febrero de 1987, durante los últimos años de la dictadura cívico militar, en un contexto de represión y luchas antidictatoriales en la que las mujeres jugaron un importante rol. En sus primeros años trabajó abriendo espacios para una participación masiva y protagónica de las mujeres en el proceso de transición a la democracia, sacando a la luz las demandas históricas de las mujeres, quienes junto a sus organizaciones comenzaron a identificarse como actoras políticas y sociales.

En ese periodo (1987-1990) se trabajó en temas como democracia, ciudadanía y política; desarrollo económico, pobreza y trabajo de la mujer; cultura, familia y sexualidad, generando conocimiento respecto de estos temas y se trabajó con colectivos de mujeres y feministas fortaleciendo alianzas para mejorar la condición de las mujeres en el país.

Entre 1991 y el 2005, el Instituto de la Mujer se desarrolló en el nuevo escenario político de la democracia, que creó expectativas en el movimiento de mujeres tras la histórica consigna feminista "democracia en el país y en la casa" que siguió vigente y evidenció un movimiento feminista que anhelaba transformaciones no solo en el espacio de lo público, sino también en la vida cotidiana de las mujeres.

En este periodo se fortaleció el perfil del Instituto como una identidad feminista y política que se mantiene hasta la actualidad. Se buscó incidir en los debates nacionales, se elaboraron propuestas de políticas públicas para visibilizar a las mujeres como ciudadanas, actoras y protagonistas en la nueva institucionalidad y en la sociedad.

Los temas se ampliaron: participación política, familia y derechos humanos de las mujeres, desarrollo económico y empleo, derechos sexuales y reproductivos; y la extensión y articulación de redes internacionales con instituciones que trabajan desde el género, contribuyendo a una construcción política y sociocultural desde las mujeres y de cara a la sociedad y al Estado, aportando nuevas miradas y temas.

En los últimos años el Instituto ha trabajado sobre la participación política y representación de las mujeres; derechos humanos y derechos de las mujeres y globalización, modelo de desarrollo y ciudadanía. Ampliando el espectro de mujeres con las cuales trabajar.

En estos 30 años de historia el Instituto de la Mujer ha luchado por el reconocimiento de los derechos de las mujeres como derechos humanos, siendo un aporte para las agendas de género nacional e internacional y parte sustantiva de los avances para todas las mujeres de Chile. El 2012 la institución fue reconocida internacionalmente por la Fundación Vidanta en colaboración con la Organización de Estados Americanos y la Secretaría General Iberoamericana, por su contribución a la reducción de la desigualdad en América Latina y el Caribe.