Bernardo Eunom Philippi nació en Charlottenburg, actual Alemania, el 19 de septiembre de 1811, tres años después que su hermano Rodulfo Amando Philippi (1808-1904). Acudieron juntos a la escuela particular de su ciudad natal, al instituto Pestalozzi en Suiza y luego al liceo práctico de Berlín, el Gymnasium zum Grauen Kloster. Según su hermano Rodulfo, fue en este último establecimiento donde Bernardo Eunom comenzó a mostrar interés por el dibujo, las matemáticas, la química, la física y el inglés, además de fortalecer sus conocimientos en francés (Philippi, Rodulfo A. "Los orígenes de la colonización alemana en Chile". En Alemanes en Chile en su primer centenario. Santiago: Liga Chileno-Alemana, 1950, p. 8).

Tras terminar la educación secundaria, a diferencia de su hermano que continúo estudios universitarios en Berlín, Bernardo Eunom siguió la carrera militar. Al no pasar los exámenes para formarse en ingeniería militar, decidió ingresar a la escuela de navegación de la ciudad de Danzig y luego a la de Hamburgo. Gracias a esos estudios pudo viajar como piloto menor de un barco mercante a lugares como San Petersburgo, Nueva York, Nueva Orleans y Cuba. Visitó por primera vez Chile en 1831 con una breve estadía en Valparaíso.

El año 1837 se embarcó nuevamente en Hamburgo, esta vez en el vapor Princesse Louise con destino a Chile. En este segundo viaje se asoció en Valparaíso con el médico alemán Carlos Segeth, con quien comenzó un negocio de recolección de especies botánicas, zoológicas y fósiles con la finalidad de venderlos a los museos naturalistas europeos, sobre todo al Museo de Historia Natural de Berlín. Si bien la sociedad fracasó, Bernardo Eunom pudo vender varias de esas colecciones tras volver a Europa. Su tarea de recolección la continuó durante su retorno a Alemania, viaje que incluyó una larga estadía en China y otros lugares de Asia (Barros Arana, Diego. El doctor Don Rodolfo Amando Philippi. Su vida y sus obras. Santiago: Imprenta Cervantes, 1904, p. 41-43).

En 1841 volvió a embarcarse rumbo a Chile con la finalidad de seguir recolectando colecciones naturales para los museos alemanes y de Prusia, esta vez por encargo del gobierno. Recaló en el puerto de Ancud, Isla de Chiloé, donde tomó contacto con los miembros de una embarcación que preparaba una expedición hacia las tierras australes. Allí puso a disposición sus servicios militares y formó parte de la expedición de John Williams (1798-1857) que tuvo como finalidad asentar algunas colonias en Punta Arenas y el Estrecho de Magallanes, con la intención de ejercer soberanía para Chile y evitar invasiones extranjeras. Uno de los trabajos de Philippi en la expedición magallánica fue la confección de diversas cartas hidrográficas y de navegación, algunas basadas en los mapas producidos por el capitán Robert Fitz-Roy (1805-1865) años antes. Luego de transitar varias veces por el archipiélago de Chiloé -del que confeccionó un mapa hidrográfico en 1843-, entabló muy buena relación con Domingo Espiñeira Riesco (1812-1880), intendente de esa provincia.

Desde su instalación en tierras australes, Bernardo Eunom Philippi visitó en diversas ocasiones las zonas de Osorno, Valdivia y Melipulli (Puerto Montt). Estos viajes le permitieron entrar en contacto con varias autoridades del país, entre ellos con Salvador Sanfuentes (1817-1860), intendente de Valdivia, con quien compartió sus intenciones de colonizar algunas de esas tierras. Durante su estancia en Valdivia comenzó a confeccionar un mapa de la provincia publicado en Kassel el año 1846 y escribió un texto titulado Relación del descubrimiento del lago Llanquihue (1842). Philippi pensó haber descubierto dicho lago, ya que ignoraba que había sido visitado años antes por el naturalista Claudio Gay (1800-1873).

Su roce con las autoridades locales le abrió las puertas para conocer al presidente Manuel Bulnes Prieto (1799-1866), quien recibió buenas recomendaciones de Philippi. Tras compartir ideas, Bulnes lo nombró sargento mayor de ingenieros del Ejército chileno.

Mientras participó en el Ejército, Bernardo Eunom comenzó a desarrollar su proyecto colonizador, para lo cual se asoció al cónsul de Prusia en Valparaíso Fernando Flindt y al comerciante Francisco C. Kindermann, para fundar la Sociedad Colonizadora y contratar familias alemanas que quisieran venir al país. Su principal contacto en Europa fue su propio hermano Rodulfo Amando, quien para 1844 se encontraba radicado en la ciudad-Estado de Hesse Kassel. Esta sociedad aprovechó las condiciones entregadas en 1845 por la recién promulgada Ley de Colonización de Terrenos Baldíos.

Así, en 1846 llegaron a Chile las primeras nueve familias alemanas que comenzaron la colonización de Valdivia, específicamente en la hacienda Santo Tomás, renombrada Bellavista, tierras compradas a Juan Félix de Alvarado y Luque (1797-1856) y otros terrenos cercanos a los indígenas cuncos, las que fueron adquiridas por el alemán Juan Renoux, a quien se le acusó de llevar a cabo estos negocios de manera fraudulenta (Los alemanes en Chile en su primer centenario. Santiago: Liga Chileno-Alemana, 1950, p. 42).

Dos años después, en 1846, fue comisionado por el presidente Bulnes para que contactara trescientas familias más. Dicho plan se retrasó y Bernardo Eunom llegó a Alemania en 1848, donde intentó contactar familias de artesanos y agricultores católicos, tal como se lo había comisionado el presidente Manuel Montt Torres (1809-1880).

La condición de que esos colonos fueran católicos la había impuesto el propio presidente, ya que respondía a los valores religiosos del Estado chileno de ese momento. Debido a diversos problemas, principalmente con los párrocos que recomendaron a sus feligreses no viajar a Chile, Philippi debió acudir nuevamente a las familias de Kassel, en su mayoría protestantes. Por ello, se generó una breve polémica entre el gobierno y la opinión pública, liderada principalmente por la Iglesia Católica chilena y grupos conservadores, aunque se resolvió rápidamente.

Bernardo Eunom Philippi solicitó al gobierno recibirlos igualmente, bajo la condición de que estos mantuvieran sus cultos privados y en su idioma natal y no comenzaran obras misioneras de evangelización. Tras acordarse y aceptarse esas condiciones, las familias se embarcaron en Hamburgo con rumbo a Chile. El proceso fue facilitado, además, por la situación política convulsa que Europa vivía por entonces, marcada por guerras internacionales, civiles y movimientos revolucionarios. Su hermano Rodulfo Amando abordó ese mismo barco (Sepúlveda, Juan. De peregrinos a ciudadanos. Breve historia del cristianismo evangélico en Chile. Santiago: Fundación Konrad Adenauer, 2000, p. 55).

Cumplida su misión como agente colonizador, Bernardo Eunom Philippi fue nombrado Teniente Coronel y luego asignado gobernador de Magallanes tras los sucesos del denominado "motín de Cambiaso", un breve episodio enmarcado en la revolución liberal de 1851, liderado por el Teniente Miguel José Cambiaso (1823-1852), quien estaba preso en la colonia penal de esa provincia. Cambiaso fusiló al gobernador Benjamín Muñoz Gamero (1817-1851), a las tropas que se le enfrentaron y a un grupo de indígenas Tehuelche que se encontraban al servicio de Muñoz. Al llegar Bernardo Eunom Philippi a Magallanes en 1852, Cambiaso y sus hombres habían sido apresados en el norte y la revolución en el resto del país había sido controlada. Sin embargo, Philippi no pudo ejercer su cargo por mucho tiempo ya que fue presuntamente asesinado y su cuerpo desaparecido en confusas circunstancias por un grupo de tehuelches que buscaron venganza tras los sucesos del motín de 1851.

Así, Bernardo Eunom Philippi desapareció sin dejar rastro en octubre de 1852.