Juan Orrego Salas nació en 1919 en el seno de una familia con tradición musical. Estudió piano y composición con Pedro Humberto Allende y Domingo Santa Cruz, graduándose en la Universidad de Chile en 1938. Rápidamente le fue adjudicada la cátedra de historia de la música en el Conservatorio y comenzó, paralelamente, a estudiar arquitectura, titulándose en 1943. Posteriormente, contrajo matrimonio con Carmen Benavente.

Fue beneficiado luego por la Beca Rockefeller para estudiar en los Estados Unidos. Una vez en la Universidad de Columbia, estudió musicología con el destacado musicólogo Paul Henry Lang, Etnomusicología con George Herzog y Contrapunto con William Mitchell. Al año siguiente recibió la Beca Guggenheim para estudiar composición en la Universidad de Princeton, con el compositor Randall Thompson. Esta experiencia, al igual que la vivida al conocer al compositor argentino Alberto Ginastera, permitieron a Orrego Salas flexibilizar la postura academicista que había aprendido de Santa Cruz y comenzar a valorar el folclor de su tierra y su continente, incluyendo la influencia hispana. Con todo este bagaje y luego de haber sido reconocido por el compositor de moda en Estados Unidos, Aaron Copland, volvió a Chile en 1947 para ejercer como profesor de composición.

Una vez en Chile se convirtió, en 1949, en editor de la Revista Musical Chilena y crítico musical del diario El Mercurio (1950) y, luego de un viaje en 1954 a la ciudad de Tanglewood, en Estados Unidos, se hizo cargo, entre 1957 y 1959, del Instituto de Extensión Musical de la Universidad de Chile. Entre 1959 y 1961 asumió el Departamento de Música de la Universidad Católica, que posteriormente se convertiría en el Instituto de Música. En 1961 se marchó definitivamente a Estados Unidos, fijando su residencia en Bloomington, Indiana, donde fue Director del Latinamerican Music Center hasta 1987.

Aunque su actividad creativa ha pasado por diversos momentos, su estilo ha sido calificado como neoclásico. Él mismo ha declarado estar convencido de que lo que escribe es un reflejo del mundo en que vive, "que pertenece a mi propio tiempo y que contribuye a la salud del arte a través de expresiones originales, con un sentido propio" (Diccionario de música española e hispanoamericana. Madrid: Sociedad General de Autores y Editores, 1999-2002. vol. 8. p. 233).

Tanto los mejores intérpretes del mundo como una gran cantidad de orquestas de cámara y sinfónicas del planeta la han comisionado obras a Juan Orrego Salas. Ha recibido, además, una gran cantidad de distinciones, entre las que se cuentan el ser Doctor Honoris Causa de la Universidad Católica de Chile (1971), el Diploma de miembro, de la Academia de Bellas Artes, el Premio Interamericano de la Cultura Gabriela Mistral de la OEA (1988), el Premio Nacional de Artes Musicales (1992) y el Premio Olga Cohen de Composición (1956 y 1958).